مشکل اساسی شهر تهران را نمی‌توان صرفاً در فقدان طرح جامع در برخی از دوره‌های تاریخی گذشته خلاصه کرد. چراکه تاکنون بین ۳ تا ۶ طرح و نقشۀ جامع در تهران تهیه و قسمت‌های زیادی از آن نیز به اجرا در آمده است. مشکل اساسی‌تر را باید در فقدان قوه و نیرویی دانست که این طرح‌ها و نقشه‌ها را در فرایندی مطالعه شده مطابق با اقتضائات زمانی و مکانی برنامه‌ریزی و اصلاح و بازبینی کند. بررسی مراحل شکل‌گیری و تکامل نهاد مشخص می‌کند که در دورۀ مشخص (۸۶– ۱۳۸۲) نهاد در عرصۀ برنامه‌ریزی و مدیریت طرح‌های توسعۀ شهری شکل متناسب با وظایف از پیش تعیین شدۀ خود را پیدا نکرده و لاجرم تداوم نیافته است.
مهم‌ترین آسیب‌های نهاد برنامه‌ریزی توسعۀ شهری تهران از سال ۱۳۸۲تا ۱۳۸۶را می‌توان در زمینه‌های مدیریتی، برنامه‌ریزی و نهادسازی مورد بررسی قرار داد از جمله آنکه، نهاد به دلیل مشکلات و موانع مختلف تنها بر یک وظیفه متمرکز شده بود و آن وظیفه، مطالعه، تهیه و تصویب طرح جامع بود. این تمرکز باعث شد فرصت نهادینه‌سازی نهاد برنامه‌ریزی توسعۀ شهری فراهم نشود. دلیل دیگر، بی‌ثباتی در ارکان نهاد و اعمال تغییرات مداوم بر حسب شرایط متزلزل و وابستگی مدیریتی، حقوقی، پشتیبانی و مالی آن به دیگر مراکز و شرکت‌های مرتبط توسعه شهری تهران بود که باعث عدم قوام و استقرار آن در ساختار مدیریت شهر تهران شد. این نهاد همچنین جایگاه قانونی تثبیت‌شده‌ای نداشت و وجود قوانین محدود‌کنندۀ نهادسازی باعث شد ادامۀ کار نهاد با مشکلات اساسی مواجه شود. علاوه بر این اختلاط مسئولیت مدیریت نهاد و ساختار شهرداری تهران به گونه‌ای بود که هم‌زمان ریاست نهاد درگیر با مسایل روزمرۀ مسئولیتی جاری مناطق شهرداری بود. از سوی دیگر نیز کمرنگ‌شدن نقش مردم در فرایند تهیۀ طرح جامع به دلایل مختلف، ضمن واردآوردن ضربه‌ای بزرگ به طرح جامع و کاهش فرصت‌های بالقوۀ موجود جهت اجرایی‌ساختن آن، باعث شد هدف اولیۀ نهاد به عنوان رابط و واسطه‌ای کارآمد برای دخالت و مشارکت مردم در تهیۀ طرح، کمتر برآورده شود.
نهاد دوم در سال ۱۳۸۷تشکیل شد و به مدت ۳۰ ماه فعالیت کرد. اقدامات، عملکرد و مجموعه فعالیت‌های صورت‌‌گرفته در این ۳۰ ماه به چهار دسته تقسیم می‌شوند: اقدامات توجیهی جهت ایده‌سازی نهاد، اقدامات نهادسازی، اقدامات پیاده‌سازی و در نهایت هم اقدامات راه‌اندازی. به دلیل آنکه رویکرد واحدی میان سه عضو مؤسس نهاد شامل وزیر مسکن، راه و شهرسازی، رییس شورای شهر و شهردار تهران در تعریف جایگاه و نقش نهاد در مدیریت و برنامه‌ریزی طرح‌های توسعۀ شهری تهران وجود نداشت، بنابراین با ادامۀ کار نهاد مخالفت شد و در آبان ۱۳۸۹ پروندۀ آن بسته شد.
بنابراین می‌توان اینگونه جمع‌بندی کرد که «نهاد مدیریت و برنامه‌ريزی توسعۀ شهری تهران» ساختاری است که به عنوان يک مرجع تشخيص، مسئوليت برنامه‌سازی و تزريق آن را به تمامی مجاری تصميم‌گيری، برنامه‌ريزی و اجرايي دارد و سير نهادينه‌شدن اين ساختار، خود فرايندی است که مقدمۀ يک تحول در نظام شهرسازی کشور خواهد بود. اهم تلاش «نهاد» نيز باید این باشد که شبکۀ مناسب توزيع فعاليت را تا حد امکان بر شبکۀ تمرکزگرايی سيطره بخشیده و غالب گرداند. حال قرار است که این نهاد دوباره زنده شود و به فعالیت بازگردد. اما پرسش این است که این نهاد چگونه نهادی خواهد بود و چگونه بر مشکلات دو نهاد پیش از خود فائق خواهد آمد.
