قدیمی بودن ناوگان مورد استفاده در برخی ازخطوط مترو تهران از یک سو و از سوی دیگر با توجه به استقبال شهروندان به استفاده از حمل و نقل پاک در تردد های روزانه باعث شده تا کمبود ناوگان در این بخش بخه شدت احساس شود. یکی ازگلایه های شهروندان تهرانی از شهرداری تهران کافی نبودن ناوگان مورد نیاز در برخی از خطوط مترو است.
آنطور که مدیرعامل شرکت بهره برداری مترو تهران اعلام می کند؛ به رغم آنکه خطوط مترو بر اساس سر فاصله دو دقیقه ای طراحی شده اما کمبود دو هزار واگن و عدم احداث و تجهیز پارکینگ ها دلایل اصلی محقق نشدن كاهش سرفاصله ها است .البته یکی دیگر از عوامل تاثیرگذار در عدم کاهش سرفاصله قطارهای مترو پیش نیازهای فنی است.
نبود پارکینگ مورد نیاز دربرخی از خطوط مترو تهران با هدف ایجاد فضایی برای اورهال کردن قطارهای قدیمی مترو یکی دیگر از مشکلاتی است که فرنوش نوبخت به آن اشاره می کند و تاکید دارد: به عنوان مثال خط ۳ مترو تهران در شمال و جنوب خط فاقد پارکینگ است که احداث این پارکینگ نیز در برنامه قرار دارد. در مجموع اگر بتوانیم تعدادی از واگن های مورد نیاز را تامین کنیم و در کنار آن کمبود امکانات نیز برطرف شود، می توانیم به کاهش سرفاصله قطارها امیدوار باشیم.
برآوردهای مدیرعامل شرکت بهره برداری مترو تهران حکایت از آن دارد که برای راه اندازي خط 6 به چهار رام قطار نیاز است. به همین دلیل اولويت شركت بهره برداري براي به كارگيري قطار جديد، خط 7 است چرا كه در حال حاضر این خط با فاصله حركت هر 15 دقيقه يك قطار سرويس ارائه می کند و براي كاهش آن به 3 رام قطار نیاز داريم.
به رغم آنکه 70 واگن مترو در گمرک خاک می خورد، اما آنطور که نوبخت اعلام کرده، این 70 واگن مترو که شامل 10 رام مترو می شود تا تیر ماه سال آینده امکان ورود به چرخه مترو تهران را پیدا می کند.
بررسی های نشان می دهد، در صورت تامين قطار و افزايش تعداد قطارهاي خط فرودگاه تعداد سرويس هاي اين مسير نيز افزايش پيدا خواهد کرد، البته كاهش يك دقيقه اي سرفاصله در خطوط شش گانه مستلزم تامین 10 رام در خط 1، هشت رام در خط 2 و شش رام در خط 4 است.
کمبود ناوگان مورد نیاز از جمله انتقادهایی است که دردوره جدید مدیریت شهری از سوی مدیران شهری نسبت به عملکرد مدیریت سابق شهر تهران اعلام شد. تمرکز شهردار سابق به توسعه عمرانی خطوط مترو باعث شده بود تا بودجه ای برای تامین ناوگان مورد نیاز خطوطی که تکمیل و به بهره برداری می رسد، قرار داده نمی شد و به همین دلیل بالا بودن سرفاصله قطارهای مترو در خطوط جدید از جمله ایراداتی بود که به نحوی مدیریت مترو در دروه گذشته عنوان می شد.
کما اینکه محمد علی نجفی شهردار اسبق تهران نیز در دوره مدیریتی خود اعلام کرده بود: مهمترین مشکل ما در بخش حمل و نقل عمومی چه مترو و چه اتوبوسرانی کمبود ناوگان از نظر زیرساخت است.
نجفی یادآور شده بود: امروز۱۳۰۰ واگن در مترو تهران مسافران را جابه جا می‌کند و این تعداد باید به ۲ برابر افزایش یابد. بنابراین کمبود اساسی در اتوبوسرانی و مترو وجود دارد و مشکل اساسی کمبود منابع مالی است؛ شهرداری منابع مالی کافی در اختیار ندارد و دولت هم در حدی که باید حمایت می‌کرده، به علت مشکلات بودجه‌ای حمایت نکرده است.
